学会下设办公室、11个工作委员会和2个专业委员会。

11个工作委员会：组织、学术、出版伦理与道德、教育、国际交流与合作、青年、地方、政策咨询与发展、网络化、科普、规范与标准

2个专业委员会：医学期刊、建设类期刊

各组织机构负责人名单
组织工作委员会主任：李宏伟
学术工作委员会主任：蔡斐
出版伦理与道德工作委员会主任：张晓雪
教育工作委员会主任：姚希彤
国际交流与合作工作委员会主任：程磊
青年工作委员会主任：魏星
地方工作委员会主任：黄崇亚
政策咨询与发展工作委员会主任：魏秀菊
网络化工作委员会主任：曾建勋
科普工作委员会主任：李鉴
规范与标准委员会主任：张品纯
医学期刊专业委员会主任：刘冰
建设类期刊专业委员会主任：魏星
《编辑学报》主编：任胜利