本刊主要刊载数学、物理、电气、信息科学与技术、自动控制、机械、材料、土木建筑、化学化工、生物、轻工、资源、环保等学科的最新研究成果。目前，《福州大学学报（自然科学版）》在国外被《化学文摘》（CA）、《数学评论》（MR）所收录；在国内，除了被《中国科学引文数据库》、《中国学术期刊综合评价数据库》、《中国科技论文统计与分析》作为来源期刊，还被《中国数学文摘》、《中国物理文摘》、《中国力学文摘》、《中国化学化工文摘》、《中国无线电子学文摘》、《分析化学文摘》等重要文献系统所收录与转引。学报在历次有关优秀期刊评比活动中多次获奖。